卖方客户承担菜籽油期货入出库费。但是买方客户需要承担菜籽油期货交割时，货物装到汽车板（或者火车、轮船板）之后的费用。除了入出库费用外，卖方客户还需要承担仓储费用和卖方将货物运达仓库指定货位的费用。

菜籽油期货合约的入库质量标准比出库时严谨，但是与现货市场实际质量水平相比的话还是较为宽松。据郑商所收集的三千多个样品的检验数据和质检比对样品显示，90％以上的菜籽油是能够达到入库指标。同时，储藏一年以上的菜籽油，除国储油外现货市场很少，大部分难以达到，这主要因为菜籽油是当年生产当年消费的植物油。并且，陈油质量超过规定指标后，脱色较难，精炼成本较高，精炼厂接货不积极，所以不是菜籽油期货鼓励交割的对象。国家规定菜籽油质量指标时，也考虑了储藏一定期限后的菜籽油质量水平，即含有储藏变异的因素。